サイト全体にかけてしまった場合は、フォルダごとにアクセス権を設定し直す必要があります。

フォルダごとに【表示アドレスへの操作】→【アクセス設定】で次の操作；

・「indexファイル」タブで「index.php」を追加、［OK］をクリック